Basada en el anime de 1995, pero alterando la forma en que sucedieron algunos hechos, esta serie de novelas retoma la historia de Shinji tres años después de los sucesos de la película “The End of Evangelion”. Tras haber logrado salvar el mundo de su destrucción, por primera vez en mucho tiempo, la humanidad comienza a mirar al futuro con esperanza. Para evitar que las tragedias del pasado se repitan, Nerv implementa un sistema de vigilancia orbital compuesto por tres unidades Evangelion serie 0.0 que flotan alrededor de la tierra formando un triangulo perfecto alrededor del ecuador. Pero cuando uno de los tres robots se sale de su órbita y comienza a caer a la tierra en dirección a Tokyo-3, los problemas no harán más que comenzar.