Tras los acontecimientos de la serie principal, Homura está dispuesta a arriesgar todo lo que han conseguido para evitar el sacrificio de su amiga, aunque esto signifique ir en contra de lo que ella sabe que es lo mejor para el mundo. Este nuevo spin off de Madoka Magica se sitúa entre el final de la saga principal y los hechos relatados en “The Movie: Rebellion” aclarando muchas de las incógnitas que habían quedado sin resolver, como cuál fue el destino de Kyubey al final de la historia principal.