¡Una vez que averigua la verdad sobre su hermano, Sasuke elige el camino que debe seguir! Y, por compatibilidad de intereses, se alía con Akatsuki y comienza a buscar las bestias con cola. Mientras tanto, los Sapos monjes hacen llegar a La Hoja la noticia del fallecimiento de Jiraiya. A Naruto le cuesta aceptar la muerte de su maestro...
Pain vive y Jiraiya necesita desesperadamente conocer la verdad detrás de sus múltiples rostros, aunque pierda la vida en ello. Mientras tanto, Naruto y los ninjas de Konoha deben derrotar a Tobi, el nuevo Madara Uchiha, si desean encontrar a Sasuke; pero Itachi ha preparado todo para enfrentarse a su hermano y revelarle la verdad acerca de la muerte de sus padres y el terrible secreto del Mangekyo.
Naruto se empeña en confrontar él solo a Pain. Debe encontrar la respuesta capaz de liberar al mundo shinobi de la cadena de odio en la que se encuentra y, para eso, debe mirar frente a frente a su enemigo, conocer su historia e intentar ignorar el gran odio que siente hacia él por las muertes de Jiraiya, Fukasaku y todas las personas de Konoha. Es urgente que reconozca la diferencia entre la justicia y la venganza para llegar a una conclusión satisfactoria, ¡pues de ello depende el futuro entero!
El Raikage lanzó una petición para organizar una Cumbre entre los cinco Kages con el objetivo de acabar con la misteriosa organización Akatsuki. Uno a uno, los líderes de las aldeas van llegando al Reino de Hierro. Mientras tanto, tras enterarse de que Kumogakure quiere eliminar a Sasuke, Naurto habla directamente con el Raikage para pedirle que rompa la cadena de odio.
¡Sasuke se enfrenta a los cinco Kage en su ataque contra la sala del consejo y recurre al “amaterasu” y a “susano-o”, el tercer poder! Sin embargo, los Kage son tan poderosos que acaba viéndose acorralado. En ese momento, aparece Madara Uchiha, ¡que revela su siniestro plan a los cinco Kage...!
Después de una repentina confesión de Sakura que deja a Naruto confundido, Sai le aclara a él las verdaderas intenciones de la joven. Además, Naruto también escucha de parte de Gaara todo lo sucedido en la Cumbre de los Cinco Kages. ¡Mientras tanto, con el apoyo de Madara, Sasuke quien había intentado capturar a Danzo, da inicio a su segunda venganza!
La sed de venganza ha alterado totalmente a Sasuke. Las palabras de Sakura y Kakashi no logran penetrar su dura coraza y llegar a su corazón. Sasuke se alimenta de odio para lanzar un ataque con el que pretende acabar con los dos, ¡pero entonces aparece Naruto al rescate! ¡¡Años más tarde, por fin se reúne el grupo número siete!!
Naruto está determinado a enfrentar cualquier prueba que sea necesaria con tal de ser capaz de controlar finalmente el impactante poder de la bestia que vive sellada en su interior y, con la ayuda de Killer B, comienza el proceso para hacer suyo ese chakra, ¡pero tiene un encuentro tan importante y feliz como inesperado! Ahora conoce la verdad acerca de su nacimiento y la razón por la que se convirtió en jinchuriki. Y todo esto nada menos que de boca de Kushina, ¡su madre!
Naruto continua absorbiendo los recuerdos de los remanentes de su padre y su madre, y ¡alcanza una nueva madurez como shinobi! Con su nueva habilidad para cotrolar al Kyubi, captura a Kisame, quien estaba escondido en su Samehada. Kisame consigue escapar con la información que extrajo, ¡¡pero frente a él aparece por tercera vez la Bestia Azul de Konoha!!
¡Empiezan las hostilidades en la Cuarta Gran Guerra Ninja! El ejército aliado ninja se organiza en tropas para hacer frente a los avances de los “Akatsuki”. Gaara, empeñado en proteger a Naruto, ¡arenga enérgicamente a su ejército! Mientras tanto, Kabuto, que colabora con Madara, ¡¡resucita a un poderoso ninja tras otro con la técnica de la resurrección de ultratumba!!
Aun cuando las tropas enviadas por Kabuto, provistas de guerreros tan poderosos como los fallecidos kages o los Espadachines Legendarios, arremeten como una fuerza descomunal sobre el ejército de shinobis, estas nunca formaron parte el plan original de Madara, quien posee un ejército enorme moviéndose rápidamente justo bajo los pies de los shinobis. Mientras tanto, Naruto, protegido aún de la verdad en la isla en compañía de Killer B, percibe el chakra del Nueve Colas que los Hermanos de Oro y Plata emplean durante la batalla e irremediablemente comienza a sospechar que algo no está bien.
Las sospechas de Naruto llegan a su límite y se propone abandonar la isla. Tsunade envía al maestro Iruka a persuadir a Naruto de mantenerse fiel a su misión, pero él sospecha que no podrá cumplir con el encargo y, llegado el momento, decide revelarle la verdad. Naruto lucha entonces por salir a la batalla y, aun cuando encuentra mucha oposición, Killer B lo ayuda a cumplir su propósito. hasta que se topan con el Raikage y la Hokage, quienes actúan mayormente en nombre de la Alianza Shinobi. Los argumentos de Naruto no parecen convencer y el Raikage amenaza con matarlo para retrasar el plan de Madara.
¡La confrontación entre los kages del presente y el pasado comienza! Gaara enfrenta a su propio padre, aquel que lo condenó a cargar con Shukaku y, con ello, a una terrible soledad. Pero la ardua batalla pone de manifiesto el valor de cada cual y verdades asombrosas podrían contribuir a forjar un futuro mejor. Mientras tanto, Naruto tiene un encuentro nada menos que con el dúo formado por Itachi y Nagato, quienes se convierten en compañeros de lucha gracias al Edo Tensei de Kabuto. El uchiha, siempre preparado, demuestra que sus ideales y su poder aún sobrepasan las absurdas ambiciones de algunos. Y quizá sean incluso más fuertes que la propia muerte.
La lucha contra el Mizukage resucitado se complica cada vez más. Su empleo del Joki Boy es una amenaza a la que pocos han podido sobrevivir, pero la ayuda que reciben quienes luchan contra él no es precisamente la que esperaban, por muy sabia que resulte. Naruto y Killer B siguen en camino, pero los múltiples clones de Naruto están llegando a los diversos campos de batalla, con lo que llenan poco a poco de esperanza a los combatientes. Pero ¡la incertidumbre vuelve cuando comparece en la lucha nada menos que el verdadero Madara Uchiha resucitado! ¡¿Quién es el enmascarado que se dirige con firmeza a consumar el plan "Ojo de Luna"?!
Un murmullo acerca de la victoria de la Alianza Shinobi parece flotar en el pensamiento de todos los combatientes. Naruto continúa luchando y se las arregla para comunicarles a Kakashi y a Gai contra qué se enfrentan, pero, además, logra un gran avance al entablar conversación con Son Goku, el Rey de los Mono Sabios. Gracias a esta charla conoce el nombre del Kyubi: ¡Kurama! ¡Y ese nombre en verdad representa una enorme puerta hacia su futuro!
Tsunade, como médico, no debería participar como combatiente en la batalla, pero el poderoso Madara no da tregua a los cinco grandes líderes y ella comienza a mostrar su verdadera fuerza. Mientras tanto, Itachi Uchiha continúa con su misión como shinobi de Konohagakure y está decidido a hacer su parte hasta el final. Al lado de su hermano Sasuke combate a Kabuto, el ninja que ni siquiera sabe quién es él mismo en realidad. Entonces Itachi logra someterlo, ¡y ahora el usuario del Edo Tensei se encuentra atrapado bajo el poder del increíble Izanami!
Madara emplea el Susanoo, la destrucción encarnada que puede desaparecer todas las cosas de este mundo con solo blandir su espada, y acorrala a sus oponentes. Mientras tanto, luego detener a Kabuto, Sasuke se siente más unido a Itachi que nunca al conocer toda su historia y es precisamente por eso que odia cada vez más a aquellos que orillaron a su hermano a tomar las duras decisiones que afrontó en su juventud. Naruto y sus aliados, por su parte, continúan su lucha contra Tobi y descubren algo muy peculiar, pues el justu que emplea, ¡se relaciona directamente con el ojo uchiha de Kakashi!
Sasuke y su grupo, con la ayuda de Orochimaru, llegan hasta el lugar en donde yacen todos los secretos para poder obtener respuestas de "aquellos que lo saben todo", empleando nada menos que el Edo Tensei. De lo que escuche el Uchiha dependerá su decisión de destruir o no lo que resta de Konoha y sus shinobis, ¡o quizá aquel sueño que, si bien permanece oculto, se encuentra, en verdad, a la distancia de un instante!
Naruto continúa restableciéndose con el apoyo de Sakura mientras Kakashi sigue enfrentando a su amigo en la dimensión del Kamui. La ayuda ya se encuentra en camino: ahora no solo los grandes Kages del pasado se unirán a la contienda, sino que, luego de tanto dolor, finalmente se verá reunido un Equipo Siete mucho más fuerte y decidido. ¡Uno que con acciones y palabras motivará de nueva cuenta a los shinobis de la Alianza!
Obito absorbió al Jubi y se ha convertido en su jinchuriki, pero eso le está costando su propia identidad. Los Hokages del pasado se organizan y lanzan ataques conjuntos, pero quienes más importan en la estrategia son aquellos que representan el presente y el futuro del mundo shinobi: Naruto y Sasuke. Ahora algo ha sucedido y aquellos resucitados con el Edo Tensei deben ser en extremo cuidadosos, pues podrían desaparecer para siempre. La esperanza, no obstante, regresa, pues Kurama está más dispuesto que nunca a ayudar a Naruto, ¡y esta vez por completo!