Sasuke abandona Konoha, dejando atrás a sus amigos. ¡¿Acaso Orochimaru logró apoderarse de su mente?! Por órdenes de la quinta Hokage, Shikamaru, quien acaba de convertirse en chunin, convoca a Naruto, Neji, Kiba y Choji. ¡Los cinco salen en busca de Sasuke! Pero…
Narumi Momose, una fan del yaoi que trata de esconder su afición a la sociedad, y Hirotaka Nifuji, un gamer sin remedio al que no le importa mostrarse tal cual es, empezaron una relación. Al descubrir que otra pareja de la empresa donde trabajan, Tarô Kabakura y Hanako Koyanagi, también es otaku, se hacen amigos y comparten sus aficiones como no pudieron hacer nunca antes. Sin embargo, un día Narumi se reencuentra con un chico misterioso, Naoya, con el que se muestra muy cercana... ¿Va a peligrar su relación con Hirotaka?
Tsunade, como médico, no debería participar como combatiente en la batalla, pero el poderoso Madara no da tregua a los cinco grandes líderes y ella comienza a mostrar su verdadera fuerza. Mientras tanto, Itachi Uchiha continúa con su misión como shinobi de Konohagakure y está decidido a hacer su parte hasta el final. Al lado de su hermano Sasuke combate a Kabuto, el ninja que ni siquiera sabe quién es él mismo en realidad. Entonces Itachi logra someterlo, ¡y ahora el usuario del Edo Tensei se encuentra atrapado bajo el poder del increíble Izanami!
Madara emplea el Susanoo, la destrucción encarnada que puede desaparecer todas las cosas de este mundo con solo blandir su espada, y acorrala a sus oponentes. Mientras tanto, luego detener a Kabuto, Sasuke se siente más unido a Itachi que nunca al conocer toda su historia y es precisamente por eso que odia cada vez más a aquellos que orillaron a su hermano a tomar las duras decisiones que afrontó en su juventud. Naruto y sus aliados, por su parte, continúan su lucha contra Tobi y descubren algo muy peculiar, pues el justu que emplea, ¡se relaciona directamente con el ojo uchiha de Kakashi!
El partido de béisbol entre la clase E y el Club de Béisbol de la Secundaria Kunugigaoka continúa. Sin que nadie lo esperara, la clase 3-E supera por mucho las expectativas de todos los presentes. Mientras, el director Asano quiere sabotear al equipo de Koro-sensei, mientras que este pretende hacer lo mismo con el de Asano. Por otro lado, una vez superado el reto, ¡una nueva debilidad del profesor pulpo sale a relucir!
Al comenzar las vacaciones de verano, la Clase E llega a una isla del sur. Una vez ahí, intentarán ejecutar un plan de asesinato en contra de Koro-sensei en una escala sin precedentes. Pero… ¡los estudiantes deciden avanzar con los preparativos en secreto!
El nuevo traje de gimnasia de la clase E es de una calidad insuperable. El mejor de todo el mundo. Pero justo cuando sus posibilidades de llevar a cabo el asesinato aumentan, una sombra oscura se les acerca... ¡¡Ataca el asesino «Shinigami»!!
¡Se acercan los exámenes de final de trimestre y el director Asano se dispone a preparar a la clase A convirtiéndose en su tutor! Su hijo, Gakashû, al ver como su padre obliga a sus compañeros a odiar a la clase E, decide ir a la susodicha clase a pedirles algo... ¡¿De qué se trata?!
Takaoka hace volar por los aires el antídoto y Nagisa monta en cólera. Sin embargo, en una pelea frente a frente, y sin poder usar las técnicas de asesinato que conoce, Takaoka le aplastará. ¿¡Se convertirá la técnica especial definitiva que Rovro le enseñó en su única salvación!?
¡Inesperadamente la Clase E sufrió un ataque terrorista viral durante las vacaciones de verano! Con el fin de arrebatarles el antídoto, los estudiantes sanos se infiltraron en el hotel donde los criminales los esperan. ¡¿Podrán esos asesinos profesionales descifrar las técnicas de asesinato de los estudiantes?! “Usarás tu derrota como una fuente significativa de motivación para tomar ventaja. Entonces te convertirás en alguien importante en el futuro.” Karma Akabane “No sé si fumar los hace ver cool o no. Pero, con seguridad, será doloroso vivir”. Koro-sensei “Es muy difícil, ¿verdad? Ser chico. La próxima vez que nos veamos, intenta actuar cool. Si es posible, con algo más que drogas y baile sería genial.” Nagisa Shiota
¿¡Korosensei es un ladrón de ropa interior!? Para recuperar la confianza de sus alumnos, se lanza a la búsqueda del auténtico culpable. ¡¡Pero vuelve a ser una trampa de esos tipos...!!
¡¿La mayor debilidad de Koro-sensei es el agua?! Los estudiantes de la Clase E esperan una oportunidad para ejecutar el “aquasinato”, pero un traidor interfiere. ¡“Aquellos dos” serán los encargados de inmiscuirlo! Por otro lado, ¡los exámenes finales se acercan! La Clase A, de nivel académico excelente, reta a la Clase E y hacen una feroz apuesta.
¡Qué harán los alumnos de la clase E cuando logren matar a Korosensei? Ha llegado la hora de decidir a qué quieren dedicarse en el futuro, pero Nagisa todavía no tiene claro cómo emplear sus habilidades. ¡Y lo que le espera al llegar a casa es...!
Los estudiantes tienen solo cinco meses más para asesinar a Korosensei... Pero las prisas y el exceso de confianza en sí mismo provoca desastres. ¿¡A qué pruebas los someterá Korosensei para convertirlos en verdaderos asesinos!?
Korosensei comienza a relatar su pasado... El pasado de un humano sobre el que realizaron pruebas experimentales y los lazos que creó con una mujer... ¿¡Cómo reaccionarán los alumnos al oírla!?
¡Justo cuando el asesinato de Korosensei comienza a entrar en la etapa final, la clase E se divide! Entre Nagisa y Karma, que pese a tener personalidades totalmente opuestas se llevaban bien, se crea de repente una atmósfera amenazadora…
¡El «monstruo», el extraordinario asesino al que se refiere Shiro, por fin entra en escena! Posee una fuerza capaz de poner a Korosensei contra las cuerdas, y su auténtica naturaleza los deja a todos de piedra. ¡¡Una tormenta azota a la clase E!!
Naruto se empeña en confrontar él solo a Pain. Debe encontrar la respuesta capaz de liberar al mundo shinobi de la cadena de odio en la que se encuentra y, para eso, debe mirar frente a frente a su enemigo, conocer su historia e intentar ignorar el gran odio que siente hacia él por las muertes de Jiraiya, Fukasaku y todas las personas de Konoha. Es urgente que reconozca la diferencia entre la justicia y la venganza para llegar a una conclusión satisfactoria, ¡pues de ello depende el futuro entero!
Aun cuando las tropas enviadas por Kabuto, provistas de guerreros tan poderosos como los fallecidos kages o los Espadachines Legendarios, arremeten como una fuerza descomunal sobre el ejército de shinobis, estas nunca formaron parte el plan original de Madara, quien posee un ejército enorme moviéndose rápidamente justo bajo los pies de los shinobis. Mientras tanto, Naruto, protegido aún de la verdad en la isla en compañía de Killer B, percibe el chakra del Nueve Colas que los Hermanos de Oro y Plata emplean durante la batalla e irremediablemente comienza a sospechar que algo no está bien.
Las sospechas de Naruto llegan a su límite y se propone abandonar la isla. Tsunade envía al maestro Iruka a persuadir a Naruto de mantenerse fiel a su misión, pero él sospecha que no podrá cumplir con el encargo y, llegado el momento, decide revelarle la verdad. Naruto lucha entonces por salir a la batalla y, aun cuando encuentra mucha oposición, Killer B lo ayuda a cumplir su propósito. hasta que se topan con el Raikage y la Hokage, quienes actúan mayormente en nombre de la Alianza Shinobi. Los argumentos de Naruto no parecen convencer y el Raikage amenaza con matarlo para retrasar el plan de Madara.