Las sospechas de Naruto llegan a su límite y se propone abandonar la isla. Tsunade envía al maestro Iruka a persuadir a Naruto de mantenerse fiel a su misión, pero él sospecha que no podrá cumplir con el encargo y, llegado el momento, decide revelarle la verdad. Naruto lucha entonces por salir a la batalla y, aun cuando encuentra mucha oposición, Killer B lo ayuda a cumplir su propósito. hasta que se topan con el Raikage y la Hokage, quienes actúan mayormente en nombre de la Alianza Shinobi. Los argumentos de Naruto no parecen convencer y el Raikage amenaza con matarlo para retrasar el plan de Madara.
Aun cuando las tropas enviadas por Kabuto, provistas de guerreros tan poderosos como los fallecidos kages o los Espadachines Legendarios, arremeten como una fuerza descomunal sobre el ejército de shinobis, estas nunca formaron parte el plan original de Madara, quien posee un ejército enorme moviéndose rápidamente justo bajo los pies de los shinobis. Mientras tanto, Naruto, protegido aún de la verdad en la isla en compañía de Killer B, percibe el chakra del Nueve Colas que los Hermanos de Oro y Plata emplean durante la batalla e irremediablemente comienza a sospechar que algo no está bien.
¡Empiezan las hostilidades en la Cuarta Gran Guerra Ninja! El ejército aliado ninja se organiza en tropas para hacer frente a los avances de los “Akatsuki”. Gaara, empeñado en proteger a Naruto, ¡arenga enérgicamente a su ejército! Mientras tanto, Kabuto, que colabora con Madara, ¡¡resucita a un poderoso ninja tras otro con la técnica de la resurrección de ultratumba!!
Naruto continua absorbiendo los recuerdos de los remanentes de su padre y su madre, y ¡alcanza una nueva madurez como shinobi! Con su nueva habilidad para cotrolar al Kyubi, captura a Kisame, quien estaba escondido en su Samehada. Kisame consigue escapar con la información que extrajo, ¡¡pero frente a él aparece por tercera vez la Bestia Azul de Konoha!!
Naruto está determinado a enfrentar cualquier prueba que sea necesaria con tal de ser capaz de controlar finalmente el impactante poder de la bestia que vive sellada en su interior y, con la ayuda de Killer B, comienza el proceso para hacer suyo ese chakra, ¡pero tiene un encuentro tan importante y feliz como inesperado! Ahora conoce la verdad acerca de su nacimiento y la razón por la que se convirtió en jinchuriki. Y todo esto nada menos que de boca de Kushina, ¡su madre!
La sed de venganza ha alterado totalmente a Sasuke. Las palabras de Sakura y Kakashi no logran penetrar su dura coraza y llegar a su corazón. Sasuke se alimenta de odio para lanzar un ataque con el que pretende acabar con los dos, ¡pero entonces aparece Naruto al rescate! ¡¡Años más tarde, por fin se reúne el grupo número siete!!
Después de una repentina confesión de Sakura que deja a Naruto confundido, Sai le aclara a él las verdaderas intenciones de la joven. Además, Naruto también escucha de parte de Gaara todo lo sucedido en la Cumbre de los Cinco Kages. ¡Mientras tanto, con el apoyo de Madara, Sasuke quien había intentado capturar a Danzo, da inicio a su segunda venganza!
¡Sasuke se enfrenta a los cinco Kage en su ataque contra la sala del consejo y recurre al “amaterasu” y a “susano-o”, el tercer poder! Sin embargo, los Kage son tan poderosos que acaba viéndose acorralado. En ese momento, aparece Madara Uchiha, ¡que revela su siniestro plan a los cinco Kage...!
El Raikage lanzó una petición para organizar una Cumbre entre los cinco Kages con el objetivo de acabar con la misteriosa organización Akatsuki. Uno a uno, los líderes de las aldeas van llegando al Reino de Hierro. Mientras tanto, tras enterarse de que Kumogakure quiere eliminar a Sasuke, Naurto habla directamente con el Raikage para pedirle que rompa la cadena de odio.
Naruto se empeña en confrontar él solo a Pain. Debe encontrar la respuesta capaz de liberar al mundo shinobi de la cadena de odio en la que se encuentra y, para eso, debe mirar frente a frente a su enemigo, conocer su historia e intentar ignorar el gran odio que siente hacia él por las muertes de Jiraiya, Fukasaku y todas las personas de Konoha. Es urgente que reconozca la diferencia entre la justicia y la venganza para llegar a una conclusión satisfactoria, ¡pues de ello depende el futuro entero!
Pain vive y Jiraiya necesita desesperadamente conocer la verdad detrás de sus múltiples rostros, aunque pierda la vida en ello. Mientras tanto, Naruto y los ninjas de Konoha deben derrotar a Tobi, el nuevo Madara Uchiha, si desean encontrar a Sasuke; pero Itachi ha preparado todo para enfrentarse a su hermano y revelarle la verdad acerca de la muerte de sus padres y el terrible secreto del Mangekyo.
¡Una vez que averigua la verdad sobre su hermano, Sasuke elige el camino que debe seguir! Y, por compatibilidad de intereses, se alía con Akatsuki y comienza a buscar las bestias con cola. Mientras tanto, los Sapos monjes hacen llegar a La Hoja la noticia del fallecimiento de Jiraiya. A Naruto le cuesta aceptar la muerte de su maestro...
Uno de los clones de Naruto se topa frente a frente con Sasuke, con lo que el grupo que ha salido en su búsqueda logra recuperar finalmente su rastro. Mientras tanto, Jiraiya se infiltra con éxito en Amegakure y comienza sus indagaciones acerca del líder de Akatsuki, pero este descubre su presencia y está decidido a eliminarlo. Nagato y Konan se enfrentan con Jiraiya, su antiguo maestro, quien ante el inmenso poder de sus ahora enemigos decide luchar ¡en modo sennin!
Deidara ataca con múltiples tipos de explosivos a Sasuke, pero su sharingan es una enorme ventaja sobre cualquier enemigo. Harto del desprecio de los Uchiha hacia sus creaciones, el miembro de Akatsuki decide llevar a cabo su máxima obra y con ello se cuentan ¡dos vidas perdidas! ¿Acaso es por eso que Itachi busca ahora a Naruto?
Deidara ataca con múltiples tipos de explosivos a Sasuke, pero su sharingan es una enorme ventaja sobre cualquier enemigo. Harto del desprecio de los Uchiha hacia sus creaciones, el miembro de Akatsuki decide llevar a cabo su máxima obra y con ello se cuentan ¡dos vidas perdidas! ¿Acaso es por eso que Itachi busca ahora a Naruto?
El momento ha llegado: las fuerzas de Orochimaru no resisten más. Ni siquiera la medicina de Kabuto puede ayudarlo. ¡Es momento de tomar el cuerpo de Sasuke! Todo está listo, pero Sasuke anhela más que nada en este mundo vengarse de Itachi y no permitirá que nadie le arrebate el destino que él mismo ha decidido. La batalla comienza y solo uno de ellos saldrá con vida
¡Un poderoso enemigo ataca! Y en medio de un duro entrenamiento, Naruto recibe la noticia de la muerte de Asuma. Junto con el maestro Kakashi, el equipo diez vuelve a enfrentarse a Akatsuki, que de nuevo invade Konoha. ¡Durante una batalla dirigida principalmente por Shikamaru, el impresionante poder de Kakuzu es revelado!
¡Todo para superar al Cuarto Hokage! El entrenamiento de Naruto entre en su etapa final, y logra adquirir un nuevo jutsu de rango "S". Mientras tanto, ¡el equipo Asuma, que estaba en busca de Akatsuki, por fin alcanza su objetivo! ¡Shikamaru y los otros tuvieron éxito con su ataque sorpresa, pero el poder del enemigo es imponente!
"Si tan solo pudiera volverme más fuerte"… son las palabras que pronuncia Naruto al ver la enorme diferencia de fuerza entre él y Sasuke. Sin embargo, ¡Kakashi lo sorprende con un nuevo método de entrenamiento! Al mismo tiempo, ¡una nueva pareja de Akatsuki aparece en las proximidades del País del Fuego! Todo esto y más, ¡en Naruto #35!
¡Hacia la guarida de Orochimaru! Tras infiltrarse en la base del enemigo, Naruto y los demás se acercan a Sai. Al mismo tiempo, la decisión de Naruto por mantener su vínculo con Sasuke le ayuda a Sai a recordar sus sentimientos. Y luego de dos años, ¡por fin llega el reencuentro!