Kazuto Kirigaya, Kirito para los amigos, logra regresar al mundo real y salir con vida del juego mortal conocido como Aincrad, creado por el programador del Sword Art Online, Akihiko Kayaba. Pero Asuna Yuuki, conocida por su nick "The Flash" y de quien Kirito se enamora en el mundo virtual, aún no despierta de un aparente sueño eterno. A pesar de la preocupación de su hermana Suguha, Kirito visita a Asuna todo los días en el hospital, con la esperanza de encontrar alguna respuesta. La verdad empieza a tomar forma cuando aparece de pronto Sugou Nobuyuki, que se presenta como… ¿el prometido de Asuna? Este encuentro desata los acontecimientos de esta saga. Kirito recibe la captura de pantalla de un nuevo juego, ALfheim Online, en el cual se ve la imagen de un hada parecida a Asuna, que se encuentra prisionera. Ahora Kirito está decidido a enfrentarse a este nuevo VRMMORPG, y traer a Asuna sana y salva al mundo real. Serializada originalmente en la Dengeki Bunko Magazine, de la editorial ASCII Media Works, entre 2012 y 2014; la segunda saga de la creación de Reki Kawahara está ilustrada por Tsubasa Haduki, quien aporta un soplo de aire fresco a este maravilloso y sustancioso mundo virtual.
Tras completar la máquina de agua de resurrección infinita, Senku y los demás se preparan para enfrentarse al reino de la petrificación utilizando un drone. Para construirlo necesitarán resucitar a Kaseki, el artesano del reino de la ciencia. Sin embargo, el primero al que consiguen despertar es… ¡No puede ser!
Gracias a la exploración por globo aeroestático, Senku y los demás obtienen un mapa de materiales valiosos, pero el aumento de los aldeanos trae consigo el problema de la comida. ¡Hay que conseguir una revolución alimentaria crando un pan sabroso capaz de conservarse durante mucho tiempo! Por otro lado, Senku hace una prueba saliendo al mar en una pequeña lancha y se encuentra con algo sorprendente.
Senku y los demás planean hacerse con el arma petrificadora del Superior y para ello necesitan que Kohaku se infiltre en el harén de la isla. El primer paso es recuperar el labomóvil del barco, para a con la ayuda de la ciencia, transformar a Kohaku en un bellezón. El barco se encuentra bajo la estrecha vigilancia de los hombres más fuertes de la isla, ¡¿pero el as que garantizará el triunfo de la misión ya se encuentra dentro de él?!
¡¡Gracias a la supervisión de Senku y Ryusui, el reino de la ciencia une fuerzas y por fin consigue construir un barco científico!! Senku selecciona a los miembtos que viajarán junto a él para descubrir el secreto de la petrificación y salvar a la humanidad. Su primer objetivo será llegar a la isla del tesoro, donde se esconde un objeto divino.
En un caótico Neo-Tokio recién emergido de las cenizas de la III Guerra Mundial, Kaneda, Tetsuo y compañía se ven envueltos en el misterio de Akira, un extraño ser que en realidad es un proyecto científco secreto que debería hacer evolucionar a la raza humana.